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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Leite. |
Data corrente: |
10/11/2015 |
Data da última atualização: |
21/03/2016 |
Tipo da produção científica: |
Orientação de Tese de Pós-Graduação |
Autoria: |
UTSUNOMIYA, A. T. H. |
Afiliação: |
ADAM TAITI HARTH UTSUNOMIYA, UNESP. |
Título: |
Análise ampla do genoma para detecção de erros de montagem no genoma de referência bovino e para detecção de locos relacionados a características de produção e reprodução da raça Gir. |
Ano de publicação: |
2015 |
Fonte/Imprenta: |
Jaboticabal: UNESP, 2015. |
Páginas: |
64 f. |
Idioma: |
Português |
Notas: |
Tese (Doutorado). Universidade Estadual Paulista, Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, 2015. Coorientador: Marcos Vinicius Gualberto Barbosa da Silva, Embrapa Gado de Leite. |
Conteúdo: |
A base genética que rege os processos fisiológicos para expressão dos fenótipos de produção de leite ainda não está completamente compreendida, pois poucos genes causais ou marcadores associados com a variação na expressão desses fenótipos foram relatados e espera-se que mais genes estejam envolvidos. Com o surgimento da era genômica, os esforços para identificar polimorfismos de sítio único (Single Nucleotide Polymorphisms - SNPs) foram expressivos. Os SNPs permitem estabelecer uma forte relação entre a expressão de características economicamente importantes e regiões específicas do genoma de um indivíduo. Tal relação é confirmada por estudos de associação ampla do genoma (GWAS), gerando conhecimento a cerca dos genes e fragmentos cromossômicos ligados a características importantes, os quais são posteriormente explorados na biologia dos sistemas. Qualquer inferência acerca de segmentos cromossômicos que possam estar associados a fenótipos de interesse utiliza uma montagem de um genoma de referência, onde todos os genes estão ancorados. Porém, o processo de montagem de um genoma é complexo e erros quanto ao posicionamento de sequências são esperados. Desta forma, este trabalho propõe avaliar a montagem de referência do genoma bovino produzido pelo grupo de pesquisa da universidade de Maryland e a aplicação do GWAS na raça Gir (Bos indicus) aos fenótipos de produção de leite, proteína e gordura, porcentagem de proteína e gordura e idade ao primeiro parto, com o intuito de identificar regiões cromossômicas que possam estar relacionadas com aspectos importantes da produção de leite e fertilidade, contribuindo para a melhor compreensão dos fenômenos que regem tais aspectos MenosA base genética que rege os processos fisiológicos para expressão dos fenótipos de produção de leite ainda não está completamente compreendida, pois poucos genes causais ou marcadores associados com a variação na expressão desses fenótipos foram relatados e espera-se que mais genes estejam envolvidos. Com o surgimento da era genômica, os esforços para identificar polimorfismos de sítio único (Single Nucleotide Polymorphisms - SNPs) foram expressivos. Os SNPs permitem estabelecer uma forte relação entre a expressão de características economicamente importantes e regiões específicas do genoma de um indivíduo. Tal relação é confirmada por estudos de associação ampla do genoma (GWAS), gerando conhecimento a cerca dos genes e fragmentos cromossômicos ligados a características importantes, os quais são posteriormente explorados na biologia dos sistemas. Qualquer inferência acerca de segmentos cromossômicos que possam estar associados a fenótipos de interesse utiliza uma montagem de um genoma de referência, onde todos os genes estão ancorados. Porém, o processo de montagem de um genoma é complexo e erros quanto ao posicionamento de sequências são esperados. Desta forma, este trabalho propõe avaliar a montagem de referência do genoma bovino produzido pelo grupo de pesquisa da universidade de Maryland e a aplicação do GWAS na raça Gir (Bos indicus) aos fenótipos de produção de leite, proteína e gordura, porcentagem de proteína e gordura e idade ao primeiro parto, com o intuito de ide... Mostrar Tudo |
Palavras-Chave: |
Desequilíbrio de ligação; Erros de montagem do genoma; Gir; Varredura ampla do genoma. |
Thesagro: |
Bos Indicus. |
Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
Marc: |
LEADER 02585nam a2200193 a 4500 001 2028217 005 2016-03-21 008 2015 bl uuuu m 00u1 u #d 100 1 $aUTSUNOMIYA, A. T. H. 245 $aAnálise ampla do genoma para detecção de erros de montagem no genoma de referência bovino e para detecção de locos relacionados a características de produção e reprodução da raça Gir. 260 $aJaboticabal: UNESP$c2015 300 $a64 f. 500 $aTese (Doutorado). Universidade Estadual Paulista, Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, 2015. Coorientador: Marcos Vinicius Gualberto Barbosa da Silva, Embrapa Gado de Leite. 520 $aA base genética que rege os processos fisiológicos para expressão dos fenótipos de produção de leite ainda não está completamente compreendida, pois poucos genes causais ou marcadores associados com a variação na expressão desses fenótipos foram relatados e espera-se que mais genes estejam envolvidos. Com o surgimento da era genômica, os esforços para identificar polimorfismos de sítio único (Single Nucleotide Polymorphisms - SNPs) foram expressivos. Os SNPs permitem estabelecer uma forte relação entre a expressão de características economicamente importantes e regiões específicas do genoma de um indivíduo. Tal relação é confirmada por estudos de associação ampla do genoma (GWAS), gerando conhecimento a cerca dos genes e fragmentos cromossômicos ligados a características importantes, os quais são posteriormente explorados na biologia dos sistemas. Qualquer inferência acerca de segmentos cromossômicos que possam estar associados a fenótipos de interesse utiliza uma montagem de um genoma de referência, onde todos os genes estão ancorados. Porém, o processo de montagem de um genoma é complexo e erros quanto ao posicionamento de sequências são esperados. Desta forma, este trabalho propõe avaliar a montagem de referência do genoma bovino produzido pelo grupo de pesquisa da universidade de Maryland e a aplicação do GWAS na raça Gir (Bos indicus) aos fenótipos de produção de leite, proteína e gordura, porcentagem de proteína e gordura e idade ao primeiro parto, com o intuito de identificar regiões cromossômicas que possam estar relacionadas com aspectos importantes da produção de leite e fertilidade, contribuindo para a melhor compreensão dos fenômenos que regem tais aspectos 650 $aBos Indicus 653 $aDesequilíbrio de ligação 653 $aErros de montagem do genoma 653 $aGir 653 $aVarredura ampla do genoma
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Registro original: |
Embrapa Gado de Leite (CNPGL) |
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Registros recuperados : 15 | |
2. | | SANTOS, D. J. DE A.; PEIXOTO, M. G. C. D.; UTSUNOMIYA, A. T. H.; TONHATI, H.; CARVALHO, M. R. S.; SILVA, M. V. G. B. Análise de associação global para identificar locos relacionados às produções de leite, de gordura e de proteína na raça Guzerá. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO ANIMAL, 10., 2013, Uberaba. Anais... Viçosa: Sociedade Brasileira de Melhoramento Animal, 2013.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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3. | | OLIVEIRA JUNIOR, G. A.; CARMO, A. S.; UTSUNOMIYA, A. T. H.; CHUD, T. C. S.; REY, F. S. B.; FERRAZ, J. B. S.; SILVA, M. V. G. B. Common copy number variation regions affecting dairy traits in Gyr cattle In: ADSA ASAS JOINT ANNUAL MEETING, 2015, Orlando. Proceedings... Orlando: ADSA: ASAS, 2015.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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4. | | SANTOS, D. J. A.; PEIXOTO, M. G. C. D.; SANTOS, K. C. L. dos; UTSUNOMIYA, A. T. H.; ARBEX, W. A.; TONHATI, H.; SILVA, M. V. G. B. Comparison on genomic predictions for milk, fat and protein yield in Guzerat breed using GBLUP and BayesC methods. In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON ANIMAL FUNCTIONAL GENOMICS, 5., 2013, Guarujá. Programme and abstract book... [S.l.: s.n.], 2013.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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5. | | UTSUNOMIYA, A. T. H.; SILVA, M. V. G. B.; SANTOS, D. J. A. DOS; MACHADO, M. A.; VERNEQUE, R. da S.; PANETTO, J. C. do C. Efeito de SNPs em posições equívocas sobre o decaimento do desequilíbrio de ligação. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO ANIMAL, 10., 2013, Uberaba. Anais... Viçosa: Sociedade Brasileira de Melhoramento Animal, 2013.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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6. | | ALMEIDA, F. N.; SANTOS, D. J. DE A.; UTSUNOMIYA, A. T. H.; MACHADO, M. A.; VERNEQUE, R. da S.; SILVA, M. V. G. B. Caracterização de blocos haplotípicos em bovinos de quatro raças zebuinas e uma poulação F2. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO ANIMAL, 10., 2013, Uberaba. Anais... Viçosa: Sociedade Brasileira de Melhoramento Animal, 2013.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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7. | | UTSUNOMIYA, A. T. H.; FONSECA, R.; SANTOS, D. J. A.; MACHADO, M. A.; VERNEQUE, R. da S.; SILVA, M. V. G. B. Genome wide association study to detect chromosomal regions related to milk, fat and protein yield in Gir breed. In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON ANIMAL FUNCTIONAL GENOMICS, 5., 2013, Guarujá. Programme and abstract book... [S.l.: s.n.], 2013.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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8. | | UTSUNOMIYA, Y. T.; MILANESI, M.; FORTES, M. R. S.; PORTO?NETO, L. R.; UTSUNOMIYA, A. T. H.; SILVA, M. V. G. B.; GARCIA, J. F.; AJMONE-MARSAN, P. Genomic clues of the evolutionary history of Bos indicus cattle. Animal Genetics, v. 50, n. 6, p. 557-568, 2019.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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10. | | BOISON, S. A.; UTSUNOMIYA, A. T. H.; SANTOS, D. J. A.; NEVES, H. H. R.; MÉSZÁROS, G.; CARVALHEIRO, R.; GARCIA, J. F.; SILVA, M. V. G. B.; SÖLKNER, J. Accuracy of genomic predictions for dairy traits in Gyr cattle (Bos indicus) Warsaw: EAAP, 2015.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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11. | | SILVA, M. V. G. B.; SANTOS, D. J. A. dos; BOISON, S. A.; UTSUNOMIYA, A. T. H.; CARMO, A. S.; SONSTEGARD, T. S.; COLE, J. B.; TASSELL, C. P. V. The development of genomics applied to dairy breeding. Livestock Science, v. 166, p. 66-75, 2014.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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12. | | MACHADO, M. A.; UTSUNOMIYA, A. T. H.; BOISON, S. A.; SANTOS, D. J. A. dos; UTSUNOMIYA, Y. T.; FONSECA, R. da; SÖLKNER, J.; GARCIA, J. F.; VERNEQUE, R. da S.; SILVA, M. V. G. B. Genome Wide Association Study for Calving Interval in Gyr Dairy Cattle. In: WORLD CONGRESS OF GENETICS APPLIED TO LIVESTOCK PRODUCTION, 10., 2014, Vancouver. Proceedings... Champaign: American Society of Animal Science, 2014. 3 p.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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13. | | UTSUNOMIYA, A. T. H.; BOISON, S. A.; SANTOS, D. J. A. dos; UTSUNOMIYA, Y. T.; MACHADO, M. A.; VERNEQUE, R. da S.; SÖLKNER, J.; GARCIA, J. F.; FONSECA, R. da; SILVA, M. V. G. B. Genome Wide Scan for Age at First Calving in Gyr Dairy Cattle. In: WORLD CONGRESS OF GENETICS APPLIED TO LIVESTOCK PRODUCTION, 10., 2014, Vancouver. Proceedings... Champaign: American Society of Animal Science, 2014. 3 p.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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14. | | UTSUNOMIYA, A. T. H.; SANTOS, D. J. A.; BOISON, S. A.; UTSUNOMIYA, Y. T.; MILANESI, M.; BICKHART, D. M.; AJMONE-MARSAN, P.; SOLKNER, J.; GARCIA, J. F.; FONSECA, R. da; SILVA, M. V. G. B. Revealing misassembled segments in the bovine reference genome by high resolution linkage disequilibrium scan. BMC Genomics, v. 17, article 705, 2016.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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15. | | BOISON, S. A.; UTSUNOMIYA, A. T. H.; SANTOS, D. J. A.; NEVES, H. H. R.; CARVALHEIRO, R.; MÉSZÁROS, G.; UTSUNOMIYA, Y. T.; CARMO, A. S. do; VERNEQUE, R. da S.; MACHADO, M. A.; PANETTO, J. C. do C.; GARCIA, J. F.; SÖLKNER, J.; SILVA, M. V. G. B. Accuracy of genomic predictions in Gyr (Bos indicus) dairy cattle. Journal of Dairy Science, v. 100, n. 7, p. 5479-5490, 2017.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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